《中国共产党军队支部工作条例》规定，部队基层党支部实行支部统一的集体领导下的首长分工负责制。由于这一制度规定了部队基层党支部的重要职责，创造性地把委员会制和首长制有机结合起来，因此其运行模式和表现形式与其它单纯实行委员会制度的党支部以及不担负领导核心职能的党支部有着很大区别，也决定了其正副书记既具有一切类型党支部正副书记讲政治、把方向、作表率等共性，还具备间接性、平等性和替代性等特性，准确把握这些特点，有助于更好地找准努力方向、履行岗位职责，更好地发挥基层党支部的“战斗堡垒”作用。
一、领导全面建设的间接性。《中国共产党军队支部工作条例》规定，基层党支部是各该单位统一领导和团结的核心。也就是说，基层单位一切重大事务都要经党支部研究决定。但党支部研究决定重大事务后，并不是按照支委会分工分配给书记、副书记、委员落实，也不是直接交给某个将要具体承办的干部骨干组织实施，而是按照工作性质分配给军政首长分工负责，军政首长再将各自分工负责的工作逐层分配给副职领导或班排骨干。领受任务的干部骨干对军政主官负责，而不直接对党支部和正副书记负责。由此可见，党支部正副书记虽然具有运用组织手段、主持党支部会议研究重大事项的责任与义务，但当大项事务议决后，他们并不直接抓落实，而是自动退居“幕后”，由处于“前台”的军政主官分工贯彻执行支部决议。这种模式由支部统一的集体领导下的首长分工负责制而产生，因此与地方乡镇、村党支部运行模式有很大差异，也不同于军队其它类型党支部。《中国共产党农村基层组织工作条例》规定，党在农村的基层组织，是乡镇、村各种组织和各项工作的领导核心。按照分工，书记负责党组织全面工作，也就自然而然地成为本乡镇、村领导全面事务的“一把手”，成为核心中的“核心”。军队其它类型党支部，要么是政治领导和团结的核心，要么只负责党的工作，由于党支部不参与领导中心工作，正副书记就不可能与本单位、本部门的中心工作产生直接或间接关系，他们只需要对照职责抓好党支部自身工作的落实。只有部队基层党支部这种“既发挥统一领导和团结的核心作用，同时正副书记又不直接出来领导”的特性，决定了其正副书记的工作既有重要性也有间接性，既要把握好单位发展的方向和大局，在研究决策单位大项事务上其主导作用，同时也不能越俎代庖直接插手具体事务。
二、履行职能义务的平等性。《中国共产党军队支部工作条例》规定，党支部书记在支部党员大会和支部委员会集体领导下，负责党支部日常工作。同时明确，副书记协助书记工作，书记出缺时代行书记职责。可见，在负责顺序上，书记排在副书记前面，这一点几乎与所有正副职的关系
